\usepackage{xymtex}
...
\tetrahedral{0==C;1==H;2==H;3==H;4==\tet
И всё))))
Некоторые пояснения: команда \tetrahedral{} рисует (в плоском варианте) тетраэдрическую структуру типа метана. Под номером 0 в аргументе команды указывается центральный атом, конструкция 0==C указывает, что это атом углерода. Остальные атомы нумеруются сверху, против часовой стрелки. На четвертой позиции, т.е. справа от атома углерода, пристыковывается (подставляется) еще одна тетраэдрическая структура, в которой конструкция 2==(yl) указывает на место, которым она соединяется с "материнской".
Важно: в преамбуле нашего документа надо быть поаккуратнее с заданием единиц длины (лучше вообще никаких не задавать), а то, например, конструкция \unitlength=0.1cm , которой я часто пользуюсь, портит все дело (видимо, это очень большие единицы для формул, т.к. получается целая пустая страница, на которой, собственно, никакой формулы и не видно; для формул нужно что-то порядка 0.1pt, так что пусть лучше все будет так, как установлено по умолчанию).
Update: а вот какие рисовалки рекомендуют профессиональные химики: http://feanoturi.livejournal.com/960330.html
